Comuna Grădina este localizată într-o arie locuită din cele mai vechi timpuri. Acest lucru este atestat de numeroasele descoperiri arheologie, care demonstrează prezența mai multor culturi, din neolitic, în epoca elenistică, în perioada stăpânirii romane și bizantine și până în zilele noastre.
Într-un cadru natural pitoresc, în Masivul geologic Cheia, se află așa-zisele „pietre scrise” pe care le-a descifrat pentru prima dată marele arheolog Vasile Pârvan în anul 1913. Inscripția prezintă o latină grecizată, ca semn al pătrunderii latinității în lumea greacă, aflată mai demult pe aceste meleaguri. În traducere, inscripția redă termenul de „Hotarele Casienilor”. Cercetări arheologice recente au evidențiat prezența unei așezări romane în apropierea satului Cheia, identificate ca fiind o posibilă locație a satului Vicus Casiani, ale cărui hotare se terminau la intrarea în Cheile Dobrogei.
Totodată, pe valea râului Casimcea a fost identificat drumul ce lega Capidava de Histria. Legat de acesta, în intravilanul satului Cheia, s-a descoperit un fragment de stâlp miliar roman inscripționat, care precizează distanța în mii de pași (milia pasum) până la Histria.
În ceea ce privește satul Grădina, atestarea sa documentară poate fi căutată cândva între anii 1858-1860. Atunci un grup de tătari coloniști din Crimeea s-au stabilit aici, dând și numele așezării ca Toxof. La mijlocul secolului al XlX-lea localitatea avea aproximativ 150 de familii. De comuna Toxof aparțineau 16 sate printre care amintim: Pantelimonul de Sus, Pantelimonul de Jos, Râmnic, Nistorești, Colelia (azi desființat) ș.a. Recensămintele desfășurate în perioada 1860 demonstrează preponderența populației musulmane.
În 1877, satul Toxof făcea parte din județul Tulcea, plasa Babadag, și era zona cea mai sudică a județului.
În timpul primului război mondial, satul Toxof este în parte distrus. După primul război mondial, datorită regresului economic, localitatea a trecut în administrarea comunei Pantelimonul de Sus până în anul 1924, după care Toxof revine ca reședință de comună.
În anul 1931, Toxof și-a schimbat denumirea în Grădina, devenind comună împreună cu satul Cheia, această situație rămânând neschimbată până în anul 1944. Datorită colonizării cu români din Ardeal și Bulgaria, dar și emigrării, mai întâi a tătarilor, apoi a bulgarilor, structura populației s-a schimbat, românii constituind majoritatea.
În anul 1951 s-a înființat la Grădina (care cuprindea și teritoriul arabil al localității Cheia) Gospodăria Agricolă Colectivă (G.A.C.) „Bernard Andrei”. La înființare, pentru început au fost înscrise 10 familii care au participat cu o suprafață de 100 ha și utilaje agricole cu tracțiune animală. În anul 1957 a fost realizată în întregime colectivizarea.
În anul 1968, prin hotărâri administrative luate la nivel înalt, comuna Grădina a fost desființată. Locuitorii comunei au trimis la București un memoriu prin care se cerea menținerea comunei și dezbaterea acestei situații în ședințele Marii Adunări Naționale, dar demersul lor a fost în zadar. La momentul respectiv, comuna avea 4200 de locuitori.
Comuna Grădina s-a reînființat la 1 ianuarie 2005, având în actuala componență satele Grădina, Cheia și Casian.
(În alcătuirea acestui istoric a fost de un deosebit ajutor lucrarea Prof. Anghel Bardac – Studiu istorico-arheologic privind evoluția comunei Grădina)